Met de landlopers verdwenen ook de goedkope arbeidskrachten die instonden voor het onderhoud van het domein. Omdat Justitie niet meer wenste in te staan voor het beheer van gans het domein, wilde de Belgische staat de gronden verkopen. Het Convent, de vereniging die instond voor de restauratie van het begijnhof in Hoogstraten, sloeg alarm. Op 9 september 1995 werd de Mars op Wortel-Kolonie georganiseerd en op 23 november 1996 ging er in Wortel een studiedag door over het decreet tot bescherming van landschappen.

Zowel het domein van Wortel als dat van Merksplas zijn sinds 29 juni 1999 als landschap beschermd.

In maart 2004 was de toestand als volgt:

• Achter de voormalige landlopersgebouwen werd vanaf mei 1996 een nieuwe gevangenis gebouwd. Deze gebouwen en de aanpalende gronden blijven onder het beheer van Belgische staat. In 2004 werd rond het gehele complex een omheining geplaatst van zes meter hoog. In de nieuwe gevangenis verblijven ca 150 gedetineerden, met een gemiddelde leeftijd van 35 jaar en afkomstig uit ca 15 landen. Zeven op tien gevangenen kregen een straftijd van maximum drie jaar. De rode draad doorheen de delicten is diefstal en drugs. Het aantal personeelsleden bedraagt ca 120.
• De Stichting Kempens Landschap is nog eigenaar van de boerderij. Een deel zal worden gebruikt door Widar (een instelling voor volwassen gehandicapten, die actief is in de biologische landbouw), een deel is bestemd voor Natuurpunt en een deel voor een natuur-educatief project.
• De stad Hoogstraten is eigenaar van de feestzaal "Casino", maar wenst dit gebouw in erfpacht te geven aan kandidaten die hier een toeristisch-recreatief project willen uitwerken.
• De stad Hoogstraten is ook eigenaar van 16 cipierswoningen. Veertien hiervan zijn in erfpacht gegeven voor 99 jaar en twee woningen zijn overgedragen aan Widar,.
• De Vlaamse Landmaatschappij (VLM), die destijds gans het domein onteigende, is thans nog eigenaar van ca 80 ha landbouwgrond. De VLM wil deze gronden gebruiken in de ruilverkaveling Merksplas - Zondereigen.
• Het landbouwbedrijf van de gevangenis van Hoogstraten heeft 20 ha. in gebruik op het domein van Wortel-Kolonie.
• Afdeling Bos en Groen werd eigenaar van 282 ha bossen en gronden. Deze wil men gebruiken voor het creëren van een zgn. groene gordel vanaf Beerse over Merksplas en Wortel tot in Nederland.
• Afdeling Natuur beheert 78 ha natuurgebied rond het Bootjesven. Het is de bedoeling dat dit een natuurreservaat wordt met heide, een eikenberkenbos en vennen waarin de salamanders zich thuis voelen.