Er zijn weinig kerken of kapellen met een kelder. Sommige hebben misschien een kleine kelder. Andere oudere kerken of kathedralen hebben in de benedenverdieping een crypte of een restant van een eerste kerk of kapel.
Deze kapel van Merksplas-Kolonie is volledig onderkelderd. En dat is heel wat want de buitenafmetingen van de kerk zijn 70 meter op 27 meter. In het totaal gaat het dus om bijna 900 m2
De vrij lage zoldering van de kelder is gewelfd, volgens de techniek van het "trog-gewelf", zo genoemd vanwege de trogvorm, een heel stevige constructie. In het huidige centrum voor illegalen, waar deze troggewelven ook aanwezig zijn, werd de sterkte getest met een gewicht van 23 ton per m2. De doorbuiging bedroeg amper 1 cm. op 400 d.w.z. 1 cm. doorbuigen voor een gewelf van 4 m. lang.
Aan de buitenzijde ziet men ook de grote en stevige fundamenten waarop de bovenbouw rust, met inbegrip van de gietijzeren kolommen van de kapel, waarop dan weer heel het dakgewicht op terechtkomt.
Deze kelders werden destijds gebruikt als voorraadkelders, in de aanvang wellicht voor het bedelaarshuis en later voor de strafinrichting, maar ook voor de bewoners. Hier werden onderandere rode en witte kolen en wortelen bewaard, afkomstig van de groentetuinen van het gesticht, links en rechts van de kapel.
Gans de ruimte is verdeeld in compartimenten. Op sommige plaatsen bemerkt men nog de plaatsen van de poorthengels. Oorspronkelijk was de kelder bereikbaar via drie deuren: een kleine deur links en rechts van het schip en een grote dubbele poort aan de achterzijde van de kapel. Daar is ook nog een hellend vlak, langswaar men met kruiwagens, maar mogelijk ook met paard en kar de kelders kon bevoorraden. Vroeger waren alle compartimenten van de kelder langs binnen bereikbaar. Nu heeft men sommige openingen dichtgemetst.
Pekelvaten in de kelder van de kapel.
Deze kelder is heel droog, met een constante themperatuur. Ook in het najaar van 1998, toen er heel wat overstromingen waren in de kempen door de aanhoudende regen, bleef deze kelder kurkdroog.
Onder het altaar staan er nog genummerde pekelvaten.
Gedurende enkele jaren was er in de kelder nog een schietstand voor bewakers.
