Het interieur van de kerk is merkwaardig en zeldzaam. Ze geeft een Byzantijnse indruk. Het kerkgebouw behoort tot de "ecletische stijl", waarmee men de waardevolle elementen uit de vroegere bouwstijlen combineert met de modernste technieken. De kapel van Merksplas is een combinatie van neo-romantiek met een vakwerk boogspanten van staal welke rusten op gietijzeren kolommen vlak naast de buitenmuur. Hierdoor onstaat een zgn. "zaalkerk". In deze kerk ziet men dus geen pilaren of zijbeuken. De volledige breedte van 16 meter is overspannen door een staalconstructie, zoals dat in de periode van Horta mode was.

Om voldoende licht te hebben in de kapel werd de nok van het dak verhoogt met een zogenaamde "lichtstraat". Dit was in die tijd een gedurfde constructie. Het gewicht van het dak en sterkte van het gebouw werden vooral bepaald door de stalen constructie, waardoor het mogelijk was om met een open nok te werken. Hierdoor ontstaat een verrassende lichtinval (thans is deze aan de binnenzijde afgedekt.)

De binnenmuren van de kapel zijn niet bezet of geschilderd, maar tonen een speelse uitvoering van rode en gele bakstenen. Er werd alleen machinesteen gebruikt, wat men ziet aan de perfecte rechthoekjes met gladde wand. Ook hier werd er gespeeld met de naturrlijke vormen en kleuren. Deze steenpolychromy was een voorloper van de art deco. Het metselwerk gebeurde met een witte kalkmortel, maar werd nadien ingevoegd met een donkere cement. Aan de onderzijde van de muren werd een donkere natuursteen gebruikt, heel glad gepolierd, alsook een witte marmer. De vloer in cementtegels laat een mozaiek zien in een geometrisch patroon.

Aan de muren hangen nog de withouten kaders van de kruisweg, maar het halfreliëf in witte plaaster is verdwenen.

Heeft deze kerk geen zijbeuk? Op het eerste gezicht niet, maar deze zit verstopt achter de grote scheidingsmuur vooraan in de kapel. Maar gelukkig staan er deuren in de muren zodat je een bezoekje kan brengen.

Centraal in deze ruimte, op de plaats waar nu de moderne lichte vloertegels liggen, stond vroeger het altaar op een verhoog.

Het voormalige koor werd uitgevoerd als een zgn. pseudotransept.

De kruisribgewelven worden bij elkaar gehouden door een trekstang, die op decoratieve wijze wordt geïntegreerd in het geheel.

Daar ziet men ook nog mooie muurschilderingen met bijbelse taferelen. In feite zijn het geen "muurschilderingen". Maar een schilderij in hout op een ronde of halfronde vorm. De rode draad doorheen de thema's is duidelijk "O.L.Vrouw", de patrones van de kapel. De stijl van het schilderij wordt "academische neogotiek" genoemd.

De ramen zijn gemaakt van ijzer en voorzien van een rondboog. De kunstglasramen waren blijkbaar uitgevoerd in gehamerd glas. De buitenzijde is samengesteld uit gekleurd glas van rrod, blauw en groen, ingelegd in lood. Het middendeel werd uitgevoerd in grisaille. Dit is een techniek waarbij men met een grijze verf een tekening aanbrengt op het glas, dat daarna wordt ingebakken.

Bij het roosvenster achter het voormalige altaar bemerkt men nog resten van een figuur. Vermoedelijk gaat het hier om een reparatie met koudverf, zonder dat deze werd ingebakken. Dat is mooi in het begin maar niet duurzaam.

In de kruisbeuken waren vroeger zitplaatsen voorzien voor de gelovige landlopers. Deze werden in de gaten gehouden door bewakers, volgens een vroegere aalmoezenier zelfs gewapend. Deze bewakers stonden op een verhoogde uitkijkplaats halfweg de kapel, op het balkon boven de zij-ingang van de kapel.

Sinds een tiental jaren wordt dit gebouw niet meer als kapel of als kerk gebruikt. De kapel is nu in twee ruimten verdeeld. De grote ruimte in de kapel wordt gebruikt als zaal horend bij het gemeenschapscentrum en de ruimte achter de scheidingsmuur voor tafeltennis.