Vanaf 5 november 1993 werden de vroegere gebouwen van de landlopers overgedragen van het Ministerie van Justitie aan het Ministerie van Binnenlandse Zaken, die hierin startte met het Centrum voor illegalen.

Op het einde van 1997 begon men met een grondige renovatie van al deze gebouwen. Vooral het interieur werd prachtig gerestaureerd, een pluim voor de Regie der Gebouwen. Aan de buitenzijde kregen de gebouwen een Toscaanse herfstkleur (roze-creme-kleur) De gevels aan de kant van de kapel, blijven ongeschilderd omwille van het mooie kleurenspel van het metselwerk.

De uiteindelijke capaciteit is goed voor 220 personen. Het aantal personeelsleden zal toenemen tot 130. De definitieve indeling ziet er dan uit als volgt:

Het complex van het Centrum voor Illegalen te Merksplas omvat vijf gebouwen:

• in blok 1 vindt men de illegalen en het medisch team.
• in blok 2 zetelt de administratie, het sociaal team, een veeltalige bibliotheek, een refter, een fitnessruimte en een bezoekersruimte.
• in blok 3 en 4 verblijven illegalen.
• blok 5 wordt gebruikt voor:
  
  • de ontvangst, de eerste medische controles en de administratieve behandeling van de nieuwkomers.
  • de administratieve en de mentale voor-bereiding van de terugzending.
  • de afscherming van gestoorde en moeilijke personen, omdat deze een gevaar vormen voor hun collega-illegalen.

Als men spreekt over illegalen, bedoelt men:

• personen zonder identiteitskaart("sans-papier")
• personen met een vals paspoort
• personen waarbij de aanvraag voor een verblijf in België mislukte. Deze noemt men "de uitgeprocedeerden".

De illegalen die in Merksplas verblijven zijn vooral van deze laatste groep en wachten op repatriëring. Zij worden Ingedeeld in zgn leefgroepen van ca 20 personen. Zij slapen in zalen en volgen een strikt dagschema van eten, luchten en ontspanning. Hun verblijf varieert van enkele dagen tot maximum drie maanden. met een gemiddelde van 45 dagen Ongeveer de helft wordt echt gerepatrieerd. De andere helft kan om allerlei redenen niet terug. Deze laatsten worden dan vrijgelaten. met het verzoek het Belgisch grondgebied te verlaten binnen de vijf dagen. De meesten doen dat niet, waardoor ze in een vicieuze cirkel terecht komen van illegaliteit, uitbuiting en verwaarlozing. Zo zijn er personen die, net als de vroegere landlopers, meermaals worden bedacht met een verblijf als illegale persoon in het Centrum voor illegalen te Merksplas.

Om de terugzending voor te bereiden, is er in het Centrum voor illegalen een sociaal team met sociaal assistenten en met monitors die allerlei activiteiten organiseren. Gedurende 24 uur op 24 uur is er ook een dokter beschikbaar.

Bij de aankomst van "nieuwe" illegalen in het centrum worden zij eerst enkele dagen geobserveerd. Ze verblijven dan in zgn één-persoonscellen. Daarna worden ze ingedeeld in de leefgroepen. Omdat sommige illegalen echter een storend gedrag vertonen en een gevaar vormen voor hun collega-illegalen in de leefgroepen, blijven dezen afgezonderd. Omdat het aantal bewakers beperkt is en om de moeilijke illegalen toch enkele uren per dag frisse lucht te laten happen, zoals de anderen, brengt men hen naar de kooi, een grote open ruimte van 8 m op 30 m.

Aanvankelijk waren er ook plannen om gezinnen te herbergen, maar dat ging niet door. De speeltuin was dus overbodig geworden. Sinds het begin van 2006 is er een vleugel voor vrouwen en kinderen.