Van de landbouwkolonies die in 1822 in Merksplas en Wortel werden opgericht naar Hollands voorbeeld, was Wortel de "vrije kolonie", bestaande uit een 125-tal hoevetjes. Het project mislukte, en na de Belgische Onafhankelijkheid verdwenen alle boerderijtjes tot de laatste steen. Vanaf 1870 koopt de Belgische Staat alle gronden en gebouwen op beide plaatsen op. Tot 1893 stonden alle "rijksweldadigheidskoloniën" in deze regio onder Hoogstraats bestuur. Daarna kreeg Merksplas een eigen directie en fungeerde Wortel als een soort bijhuis. Het was een "maison de refuge" voor bedelaars en landlopers die in de landbouw werden ingezet. Vanaf 1945 komt Wortel onder toezicht van het Bestuur der Strafinrichtingen. Sinds 1955 functioneert de instelling onafhankelijk en kent zij een eigen directie.

Na de afschaffing van de Wet op de Landloperij in 1993 wordt Wortel een strafinrichting met een halfopen regime (arbeid in werkplaatsen die buiten het cellulair gedeelte gelegen zijn). Men begint aan de bouw van een nieuwe cellulaire afdeling die in 1996 in gebruik genomen wordt. Zo biedt de gevangenis vandaag plaats aan 150 gedetineerden. Het betreft een groep veroordeelden met straffen onder de 3 jaar die beschikken over een geldig verblijfsstatuut in België. Ook veroordeelden tot meer dan 3 jaar die reeds genieten van penitentiair verlof kunnen naar Wortel worden doorverwezen. Het merendeel van de misdrijven betreft diefstallen en drugsdelicten. Er verblijven in Wortel nog 10 landlopers (hun gemiddelde leeftijd is 64!) die vrijwillig het regime van de strafinrichting hebben aanvaard. Zij zeggen: "Eens ge van de soep hebt geproefd, komt ge altijd terug", en dat is misschien één van de redenen waarom zij uit Wortel niet zijn weg te slaan?