Volgens de Biologische waarderingskaart van België zijn de ca 200 ha bossen van Merksplas-Kolonie in hoofdzaak arm en zuur, wat blijkt uit de aanwezigheid van eik, berk en wilg. Op iets rijkere gronden vindt men beuk. Vochtige gronden staan voor aanplantingen van populier. Er zijn ook grote aanplantingen van naaldhout (pijnboom en Corsi-caanse den) in diverse groeistadia.
De beste waarborg voor het behoud van het bos met de bijhorende fauna en flora, is de aankoop door de overheid of de subsidiëring van terrein-aankopen door natuurverenigingen. Op Merksplas-Kolonie heeft Aminal, met de cel Bos & Groen en de cel Natuur, haar volle verantwoordelijkheid genomen en werkt ze actief mee door aankoop, bosuitbreiding en -beheer.
Daardoor komt er een natuurlijke verbinding tussen de natuurgebieden van "het Blak" ten zuiden, via Merksplas-Kolonie en Wortel-Kolonie, naar de natuurgebieden langs "het Merkske" ten noorden en zo verder door in Nederland.
De graslanden zijn echter soortenarm als gevolg van moderne landbouwmethoden. Het akkerland wordt hoofdzakelijk gebruikt voor de teelt van maïs en aardappelen.
De 100-jarige dreven bestaan voornamelijk uit zomereik, Amerikaanse eik en beuk.
Op gestoorde gronden ter hoogte van de kleiwinningen werden niet minder dan vijftig verschillende kruidachtige gewassen opgete-kend, gaande van wederik over teunisbloem, havikkruid en brunel tot hennepnetel.
Bij een berm-inventarisatie in mei 2000 werden in drie dreven over een lengte van 1200 m liefst 121 plantensoorten genoteerd.
Herfstwandelingen in '97, '98 en '99 leverden een oogst op van 120 van de grotere soorten paddestoelen op
Een gedetailleerde inventaris betreffende fauna elementen is nog niet klaar, maar volgende gegevens zijn reeds beschikbaar.
Een beperkte inventarisatie leerde ons dat minstens twintig soorten vlinders en evenzoveel soorten libellen te vinden zijn in het oostelijk deel van het gebied (zie bijlage).
De inventarisatie van nachtvlinders gebeurde tussen 1994 en 1997 door middel van "smeer", een zoetruikende substantie. Via waarnemingen in het najaar en in het voorjaar, zoektochten naar rupsen en opgejaagde vlinders bekwam men een aantal van meer dan 300 soorten nachtvlinders.
Voor Merksplas-Kolonie is dit een goede score, vooral omdat het domein zeker niet kan omschreven worden als een vlindervriendelijk gebied door de intensieve landbouwmethoden. Extra inventarisaties met meer gesofisticeerde middelen kunnen de score nog verhogen.
Bij de inventarisaties van zoogdieren in 1998 en 1999 werden 15 tot 20 stuks reewild geteld in de bosarea's, vooral noordwestelijk en zuidwestelijk. Algemeen verspreid zijn de haas en de eekhoorntjes. Minder algemeen zijn het konijn, de bunzing, de hermelijn en de wezel. Ook vossen werden weer aangetroffen.
In Vlaanderen zijn er 17 soorten vleermuizen inheems. Hiervan staan er 13 op de lijst van de bedreigde diersoorten. Van deze 17 soorten komen er zes voor op Merksplas-Kolonie, waarvan twee bedreigde soorten (gemerkt met ?):
- gewone baardvleermuis (myotis mystacinus) ?
- gewone dwergvleermuis (pipistrellus pipistrellus)
- gewone grootoorvleermuis (plecotus auritus) ?
- laatvlieger (eptesicus serotinus)
- rosse vleermuis (nyactalus noctula)
- watervleermuis (myotis daubentonii)
In 1998 werden kolonies gevonden van de gewone dwergvleermuis en de laatvlieger op de zolder van de kapel van Merksplas-Kolonie. Op 17 februari 1999 werden in de kelder van deze kapel twee overwinterende gewone baardvleermuizen en vier gewone grootoorvleermuizen aangetroffen.
Tijdens de zomer (vanaf eind april) zijn er veel jagende watervleermuizen te zien boven de visvijvers. Vooral de dreven zijn belangrijk voor de andere vleermuissoorten. In deze dreven staan verschillende oude bomen die dienst (kunnen) doen als kolonieboom. De dreven zelf worden gebruikt als verbindings-, jacht- en vliegroute.
In 1998 en 1999 gebeurde er ook een inventarisatie van ratten en muizen. Via onder-zoek van de braakballen, life-traps en andere waarnemingen telde men 12 soorten.
Het rustige en gevarieerde landschap met de voormalige kleiputten, bossen van naald- en loofhout, de grachten, vennen, dreven, weilanden en akkers alsook de grote omhaagde tuinen en oude gebouwen levert ons een indrukwekkende inventaris van een honderdtal soorten vogels, nl.:
- 64 broedvogels
- 13 wintergasten
- 15 doortrekkers en
- 7 bezoekers.
